チェーン店の経営では、店舗数を増やしながら、一方では会社の管理体制を作り上げていくことが必要です。店の営業力と活気を管理体制が支える、そういう循環でチェーン店は大きくなれるし、大きくなった場合のリスクもコントロールすることが出来ます。
実際に経営していると、本当に色々なことが起こります。今も消費税引上げの対応にご苦労されているのではないかと思います。
自分は20年近く、靴小売チェーン店の経営にあたってきましたから、大体のことは経験しました。中小企業だけでなく、大企業の内部統制も経験しました。
「経験」に「知見」を加味したアドバイスが出来ると考えます。

自分の経験

実家に入って、管理部門の整備が不可欠と考え、ＰＯＳレジを導入して、部門管理を開始しました。そして、すぐに気づいたのが、異常な在庫誤差です。結局半数以上の店長にやめてもらいました。
その後、ＰＯＳによる単品管理を開始し、商品のＰＢ化も進めました。店長以下のスタッフには、「在庫誤差があればすぐわかる」と敢えて言い続けましたが、それでもたまに異常なレジ操作が見つかり、何人かの店長にはやめて貰わざるを得ませんでした。
不正を見過ごすと、相手もより不幸になります。兆候を察知して、早目に手を打つことが必要だと痛感しています。